Prestasi membanggakan kali ini berhasil diperoleh dari cabang sains. Murid-murid yang ikut dalam ajang Kompetisi Sains Madrasah (KSM) berhasil menjuarai beberapa cabang yang dilombakan. KSM merupakan kegiatan tahunan yang diselenggara oleh Kementerian Agama. Kegiatan yang diharapkan mampu membangun ghirah sains di kalangan siswa madrasah ini sudah diselenggarakan sejak tahun 2012 silam.
Pada tahun 2020 ketika pandemi covid-19 melanda Indonesia, kompetisi ini dilaksanakan secara virtual. Tahun 2021 lomba yang bertemakan sains ini masih berlangsung secara virtual, dengan berbagai ketentuan yang telah diatur panitia.
Diantara cabang yang berhasil dijuarai oleh murid Dayah Jeumala Amal pada tingkat MTS dan MA adalah:
- Juara I cabang Matematika Terintegrasi tk. MTs/SMP, atas nama Muhammad Alfahrezi;
- Juara II cabang IPS Terpadu Terintegrasi tk. MTs/SMP, atas nama Muhammad Raziq Aziz;
- Juara II cabang IPA Terpadu Terintegrasi tk. MTs/SMP, atas nama Syahira Nazhirah;
- Juara Harapan I cabang Matematika Terintegrasi tk. MA/SMA, atas nama Wilda Rahmi;
- Juara Harapan III cabang Biologi Terintegrasi tk. MA/SMA, atas nama Putri Mulyana;
- Juara III cabang Fisika Terintegrasi tk. MA/SMA, atas nama Bunga Humaira;
- Juara Harapan II cabang Kimia Terintegrasi tk. MA/SMA, atas nama Nadia Talitha;
- Juara Harapan I cabang Ekonomi Terintegrasi tk. MA/SMA, atas nama Yusran Al Afkar; dan
- Juara Harapan I cabang Geografi Terintegrasi tk. MA/SMA, atas nama Alfaradhi.
Perolehan medali ini didapatkan setelah mereka mengikuti seleksi yang diselenggarakan sejak tanggal 21 sampai 23 Agustus 2021. Seleksi ini dilaksanakan secara online dan peserta bisa mengikutinya dari rumah masing-masing.
Untuk mengantisipasi kecurangan panitia pelaksana telah menyiapkan aplikasi yang terhubung langsung dengan webcam di komputer, sehingga setiap kecurangan bisa diawasi secara langsung.
Dalam rilis resmi yang dikeluarkan oleh panitia pelaksana melalui laman https://ksm.kemenag.go.id peserta yang berhasil mendapat peringkat 3 terbaik di tingkat kabupaten selanjutnya akan berlomba di tingkat provinsi. Kegiatan KSM di tingkat provinsi akan dilaksanakan pada tanggal 18-20 September 2021.